Perbedaan antara AFLP dan RFLP | AFLP vs RFLP

Perbedaan Kunci - AFLP vs RFLP

Studi DNA memiliki kepentingan yang sangat besar dalam memahami dan menentukan hubungan filogenetik, mendiagnosis penyakit genetik dan pemetaan genom organisme. Beberapa teknik yang terkait dengan analisis DNA juga digunakan untuk identifikasi gen tertentu atau urutan DNA di genangan DNA yang tidak diketahui. Mereka dikenal sebagai penanda molekuler. Fragmen Panjang Polymorphism Panjang (RFLP) adalah dua penanda molekuler (metode) yang dikembangkan dalam biologi molekuler untuk mendeteksi variasi genetik antara organisme. Kedua metode itu sama pentingnya dan memiliki kelebihan dan kekurangan. Perbedaan utama antara AFLP dan RFLP adalah bahwa AFLP melibatkan amplifikasi PCR selektif DNA yang dicerna sementara RFLP tidak melibatkan amplifikasi PCR selektif fragmen DNA. DAFTAR ISI 1. Ikhtisar dan Perbedaan Kunci

2. Apa itu AFLP

3. Apa itu RFLP

4. Perbandingan Side by Side - AFLP vs RFLP

5. Ringkasan

Apa itu AFLP?

AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) adalah alat penting dalam biologi molekular dan banyak digunakan dalam analisis variasi genetik. AFLP didasarkan pada amplifikasi PCR spesifik DNA genom terfragmentasi dan deteksi polimorfisme oleh autoradiograf melalui elektroforesis gel. AFLP secara luas berkontribusi untuk mengidentifikasi perbedaan genetik pada strain atau spesies yang berhubungan erat dengan berbagai kerajaan termasuk tumbuhan, hewan, bakteri dan jamur. AFLP dapat dilakukan dengan sejumlah kecil sampel DNA yang tidak diketahui. Ini tidak memerlukan pengetahuan urutan sebelumnya dan perancangan probe.

Langkah-langkah AFLP

Isolasi DNA

Pencernaan DNA dengan restriksi endonuklease

Ligasi fragmen DNA yang dibatasi dengan adaptor

Amplifikasi selektif fragmen dengan batasan spesifik situs
Pemisahan produk PCR dengan elektroforesis gel
Visualisasi matriks gel dengan autoradiograf
AFLP adalah metode yang lebih sensitif dan dapat direproduksi yang dapat digunakan dalam pembuatan profil DNA beberapa taksa termasuk jamur, bakteri, tumbuhan dan hewan tanpa pengetahuan sebelumnya tentang urutan DNA. Ini membantu dalam mengidentifikasi sedikit perbedaan antara individu dalam populasi karena sifatnya yang sangat sensitif. AFLP juga penting dalam pemetaan genom, studi forensik, pengujian orang tua, genotip, dll.
Gambar 01: AFLP

Apa itu RFLP?

Fragmen Pembatasan Panjang Polimorfisme (RFLP) adalah teknik yang digunakan untuk mendeteksi variasi genetik dalam urutan DNA homolog.Ini adalah metode pertama yang dikembangkan untuk pembuatan profil DNA. Organisme memiliki sidik jari DNA unik atau profil DNA. RFLP berfungsi sebagai alat penting untuk menganalisis variasi antara profil DNA organisme intraspesifik atau yang terkait erat karena urutan homolog memiliki lokasi pembatasan yang berbeda (lokasi) yang unik untuk organisme tertentu. Ketika DNA homolog dicerna dengan endonuklease restriksi spesifik, DNA akan menghasilkan profil DNA yang berbeda yang unik untuk setiap individu. Oleh karena itu, prinsip dari metode ini adalah pendeteksian variasi genetik antar organisme dengan membatasi DNA homolog dengan enzim restriksi spesifik dan analisis panjang polimorfisme fragmen melalui elektroforesis dan penyedot dari gel. Pola blotting unik untuk setiap organisme dan mengkarakterisasi genotipe tertentu.

Langkah-langkah RFLP

Isolasi DNA dalam jumlah cukup dari sampel

Fragmentasi sampel DNA dengan endonuklease restriksi spesifik menjadi urutan pendek

Pemisahan fragmen yang dihasilkan dengan panjang yang berbeda dengan elektroforesis gel agarose.

Pengalihan profil gel ke dalam membran oleh Southern blotting
Hibridasi membran dengan probe berlabel dan analisis polimorfisme panjang fragmen pada setiap profil
RFLP adalah teknik yang sangat penting untuk mendeteksi warisan penyakit dan menemukan Risiko terjadinya penyakit antar anggota keluarga. RFLP juga sering digunakan dalam pemetaan genom, mengidentifikasi penjahat di forensik, pengujian ayah, dll. RFLP memiliki beberapa keterbatasan juga. RFLP memerlukan pengetahuan sebelumnya tentang data urutan untuk merancang probe untuk hibridisasi. Ini juga memerlukan isolasi jumlah DNA yang cukup dari sampel untuk dianalisis, yang sulit dilakukan dalam studi forensik.
Gambar 01: Pemetaan RRFLP
Apa perbedaan antara AFLP dan RFLP?

- diff Article Middle before Table ->

ALFP vs RFLP

AFLP melibatkan amplifikasi PCR selektif DNA yang dicerna.

RFLP tidak melibatkan PCR kecuali PCR-RFLP.

Urutan Pengetahuan
Pengetahuan urutan sebelumnya tidak diperlukan.	Pengetahuan urutan sebelumnya diperlukan untuk merancang probe RFLP.
Reliabilitas
Ini lebih dapat diandalkan.	Ini kurang dapat diandalkan dibandingkan dengan AFLP.
Efisiensi dalam Mendeteksi Polimorfisme
Ini memiliki efisiensi yang lebih tinggi dalam mendeteksi polimorfisme daripada RFLP.	Ini kurang efisien dibandingkan dengan AFLP.
Biaya
Ini sedikit mahal dibandingkan dengan RFLP.	Ini lebih murah dibandingkan dengan AFLP.
Aplikasi
AFLP telah diterapkan pada pemetaan genom, sidik jari DNA, studi keragaman genetik, pengujian ayah dan forensik	Analisis RFLP adalah alat penting dalam pemetaan genom, pelokalisasi gen untuk kelainan genetik, penentuan risiko untuk penyakit, dan pengujian ayah.
Ringkasan - AFLP vs RFLP
AFLP dan RFLP adalah dua teknik yang digunakan sebagai penanda genetik untuk evaluasi keragaman dan penilaian hubungan genetik dalam biologi molekular.AFLP berfungsi sebagai metode yang efisien dan sensitif untuk mendeteksi polimorfisme genetik antara organisme daripada RFLP. Namun, walaupun kedua metode ini memiliki efisiensi yang berbeda dalam mendeteksi variasi genetik, namun metode ini masih digunakan untuk sidik jari DNA dan diagnosis penyakit.	Referensi:

'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L., dan Anete P. De Souza. "Perbandingan penanda RAPD, RFLP, AFLP dan SSR untuk studi keragaman pada inbrida jagung tropis. "Genetika dan Biologi Molekuler. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 19 Mar. 2017

2. "Batasan Fragmen Panjang Polimorfisme (RFLP). "Pusat Informasi Bioteknologi Nasional. Perpustakaan Nasional U. S., n. d. Web. 19 Mar. 2017

3. Masiga D. K. dan Turner C. M. (2004). Analisis polimorfisme fragmen panjang (batasan) fragmen panjang (AFLP) ". Metode Mol Biol: 270: 173-86. NCBI Web. 19 Mar. 2017

Gambar Courtesy:

1. "ALFP" Oleh Barbarossa di Wikipedia Belanda - Ditransfer dari nl. wikipedia ke Commons (Domain Publik) via Commons Wikimedia

2. "Pemetaan RFLP" Oleh Retama - Karya Sendiri (GFDL) via Commons Wikimedia