Perbedaan antara RT PCR dan QPCR | RT PCR vs QPCR
Perbedaan Kunci - RT PCR vs QPCR
Reaksi Rantai Polimerase adalah teknik yang digunakan untuk memperkuat wilayah spesifik DNA in vitro. Karena penemuan teknik ini oleh Kary Mullis pada tahun 1983, ilmuwan dapat menghasilkan seribu hingga jutaan salinan fragmen DNA spesifik untuk tujuan penelitian. Saat ini telah menjadi teknik umum dan rutin dilakukan di laboratorium klinis dan penelitian untuk berbagai macam aplikasi. Ada variasi teknik PCR tradisional seperti PCR RT, PCR bersarang, multiplex PCR, Q PCR, RT - QPCR, dll PCR RT dan PCR Q adalah dua variasi PCR yang penting. Perbedaan utama antara RT PCR dan Q PCR adalah bahwa RT PCR digunakan untuk mendeteksi ekspresi gen melalui pembuatan transkrip DNA pelengkap (RNA) dari RNA sementara Q PCR digunakan. untuk secara kuantitatif mengukur produk PCR secara real time dengan menggunakan pewarna fluoresen.
DAFTAR ISI1. Ikhtisar dan Perbedaan Kunci
2. Apa itu RT PCR
3. Apa itu QPCR
4. Perbandingan Side by Side - RT PCR vs QPCR
5. Ringkasan
Apakah RT PCR itu?
Reverse transcription polymerase chain reaction (RT PCR) adalah varian PCR yang digunakan untuk mendeteksi ekspresi RNA. Ini adalah metode yang sangat penting untuk mendeteksi ekspresi mRNA pada jaringan. RT PCR digunakan saat bahan awal sampel adalah RNA. Pada RT PCR, mRNA template pertama kali diubah menjadi DNA komplementer. Langkah ini dikatalisis oleh enzim reverse transcriptase dan prosesnya dikenal sebagai reverse transcription. Kedua, PCR tradisional digunakan untuk cDNA yang baru disintesis untuk amplifikasi.
Gambar 01: Teknik RT PCR
PCR Kuantitatif (QPCR) adalah varian PCR yang digunakan untuk mengukur secara kuantitatif produk PCR. Hal ini juga disebut sebagai reaksi rantai polimerase real-time karena mengukur amplifikasi real time menggunakan mesin PCR real time. Ini adalah metode yang sesuai untuk menentukan jumlah urutan target atau gen yang ada dalam sampel. Fitur menarik dari QPCR adalah menggabungkan kedua amplifikasi dan kuantifikasi benar ke dalam satu langkah tunggal. Oleh karena itu, kebutuhan elektroforesis gel dalam deteksi dapat dihilangkan dengan teknik QPCR. QPCR menggunakan pewarna fluoresen untuk memberi label produk PCR selama reaksi PCR yang akhirnya menghasilkan kuantifikasi langsung.Ketika produk PCR terakumulasi, sinyal neon juga terakumulasi dan akan diukur dengan mesin real time. QPCR dapat dikombinasikan dengan RT PCR. Ini dikenal sebagai RT - QPCR atau QRT - PCR dan dianggap sebagai metode yang paling kuat, sensitif dan kuantitatif untuk mendeteksi kadar RNA dalam sel atau jaringan.
SYBR Green dan Taqman adalah dua metode yang digunakan untuk mendeteksi atau melihat proses amplifikasi PCR real time. Metode SYBR Green dilakukan dengan menggunakan pewarna fluoresen yang disebut SYBR hijau dan mendeteksi amplifikasi dengan mengikat zat warna untuk menghasilkan DNA beruntai ganda. Taqman dilakukan dengan menggunakan dual-label probe dan mendeteksi amplifikasi dengan cara degradasi probe oleh Taq polimerase dan pelepasan fluorophore seperti yang ditunjukkan pada gambar 02. Kedua metode tersebut memantau kemajuan proses amplifikasi dan melaporkan jumlah produk secara real time..
PCR real time memiliki beragam aplikasi seperti kuantifikasi ekspresi gen, analisis RNA microRNA dan noncoding, genotipe SNP, deteksi varian jumlah salinan, deteksi mutasi langka, deteksi organisme hasil rekayasa genetika, deteksi agen infeksi, dll..
Gambar 02: Teknik PCR kuantitatif
Apa perbedaan antara RT PCR dan QPCR?
- diff Article Middle before Table ->
RT PCR vs QPCR
RT PCR adalah teknik yang digunakan untuk mendeteksi ekspresi gen dengan amplifikasi. |
|
| QPCR adalah teknik yang memperkuat DNA dan mengukur produk PCR secara real time. | Keterlibatan Enzim Reverse Transcriptase |
| Enzim reverse transcriptase digunakan untuk RT PCR. | |
| Enzim reverse transcriptase tidak digunakan untuk QPCR. | Penggunaan Molekul yang Dilabel dengan Fluoresen |
| Pewarna atau probe dengan pewarna fluoresen tidak digunakan untuk RT PCR. | |
| Pewarna atau probe yang diberi label fluoresen digunakan untuk QPCR. | Kuantifikasi produk PCR |
| Kecuali digabungkan dengan QPCR, RT PCR tidak menghitung produk PCR. | |
| QPCR mengukur secara kuantitatif produk PCR. | Bahan Mulai |
| Materi awal adalah mRNA. | |
| Bahan awal adalah DNA. Sintesis cDNA | DNA komplementer diproduksi selama RT PCR. |
| DNA pelengkap tidak diproduksi selama QPCR. | |
| Ringkasan - RT PCR vs QPCR | RT PCR dan QPCR adalah dua versi PCR tradisional. Teknik RT PCR dilakukan untuk sampel mRNA dan didorong oleh reverse transcription dan produksi cDNA. QPCR digunakan untuk menghitung produk PCR selama siklus termal PCR real time menggunakan pewarna fluoresen atau probe berlabel. Dalam QPCR, jumlah produk PCR diwakili oleh sinyal fluoresen yang dipancarkan oleh sampel. RT PCR populer digunakan sebagai proses amplifikasi sementara QPCR biasa digunakan sebagai proses kuantifikasi. Ini adalah perbedaan antara RT PCR dan QPCR. |
Referensi:
1. Deepak, SA, KR Kottapalli, R. Rakwal, G. Oros, KS Rangappa, H. Iwahashi, Y. Masuo, dan GK Agrawal. "Real-Time PCR: Deteksi Deteksi dan Ekspresi Ekspresi Gen. "Genomik saat ini.Bentham Science Publishers Ltd., Juni 2007. Web. 03 April 2017
2. Zeka, Fjoralba, Katrien Vanderheyden, Els De Smet, Claude A. Cuvelier, Pieter Mestdagh, dan Jo Vandesompele. "Analisa ekspresi gen berbasis RT-qPCR yang mudah dan sensitif terhadap sampel FFPE. "Berita Alam Nature Publishing Group, 22 Feb. 2016. Web. 03 April 2017
3. Overbergh, L., A. Giulietti, D. Valckx, B. Decallonne, R. Bouillon, dan C. Mathieu. "Penggunaan Real-Time Reverse Transcriptase PCR untuk Kuantifikasi Ekspresi Gen Cytokine. "Jurnal Teknik Biomolekuler: JBT. Asosiasi Sumber Daya Biomolekuler, Mar. 2003. Web. 03 April 2017
Gambar Courtesy:
1. "Taqman" Oleh Pengguna: Braindamaged - Bekerja sendiri oleh pengunggah asli (Domain Publik) melalui Wikimedia Commons
2. "Reverse transcription polymerase chain reaction" Oleh Jpark623 - Pekerjaan sendiri (CC BY-SA 3. 0) melalui Commons Wikimedia
