Fat32 dan NTFS diciptakan untuk mencatat semua file di sebuah hard disk Fat (File Allocation System) yang diciptakan oleh Bill Gates dan Marc McDonald, adalah yang lebih tua dari keduanya dan telah mengalami banyak perubahan sejak penampilan pertamanya di tahun 1977. Jumlah tersebut menunjukkan jumlah bit yang dibutuhkan untuk melacak file. Fat16 telah menjadi standar untuk beberapa waktu sampai hard disk dengan kapasitas lebih besar dari 4GB tiba di pasaran, dimana Fat32 diciptakan.
Di sisi lain sistem berkas NTFS terlahir dari sistem berkas HPFS yang digunakan oleh OS / 2, sebuah kolaborasi antara IBM dan microsoft. Saat kesepakatan tidak dilakukan, beberapa fitur di HPFS muncul di NTFS saat diluncurkan untuk platform Windows NT. Sejak saat itu telah dikembangkan dan muncul dalam versi Windows yang lebih baru seperti XP, Vista, dan segera dirilis Windows 7. Microsoft memegang hak paten atas NTFS dan karenanya tidak membocorkan rincian apapun berkaitan dengan sistem file yang membuat drive NTFS saja. dibaca untuk sistem Windows untuk waktu yang lama, meskipun sudah ada beberapa implementasi linux yang mampu mengakses drive NTFS namun tanpa fitur yang menonjol.
Fat32 adalah sistem yang sangat sederhana dan bebas flu yang juga sangat terdokumentasi. Tidak benar-benar melakukan banyak hal selain melacak lokasi file berada. Itu sebabnya telah menjadi sistem file pilihan untuk kebanyakan media penyimpanan portabel seperti flash drive, mp3 player, dan kartu memori.
Sistem berkas NTFS justru sebaliknya, menawarkan beberapa perangkat tambahan yang tidak hanya memperbaiki kinerjanya tetapi juga keamanannya. Salah satunya adalah kompresi file transparan yang secara otomatis memampatkan file saat sedang ditulis ke disk. Ini berpotensi membebaskan beberapa ruang disk namun file bisa memakan waktu lama untuk dimuat. Satu lagi adalah kuota disk dimana administrator sistem dapat menentukan berapa banyak disk yang dapat digunakan pengguna tertentu.
Memilih antara filesystem NTFS dan FAT32 adalah tugas yang relatif mudah. Sederhananya, NTFS adalah pilihan yang lebih baik bila Anda ingin menyebarkannya pada sistem komputer windows. Bukan hanya karena peningkatan kecepatan tapi juga karena beberapa fiturnya. Hal ini tidak dianjurkan meskipun untuk media portabel karena kebanyakan perangkat dan sistem operasi lain mengalami kesulitan atau tidak dapat mengakses drive NTFS.
