Perbedaan antara Southern, Northern dan Western Blotting | Southern vs Western vs Western Blotting
Perbedaan Kunci - Utara vs Selatan vs Western Blotting
Deteksi urutan spesifik DNA, RNA, dan protein sangat penting untuk berbagai jenis jenis studi dalam biologi molekular. Gel elektroforesis adalah teknik yang memisahkan DNA, RNA, dan protein sesuai ukurannya. Dari profil gel, urutan DNA tertentu, urutan RNA, atau protein dideteksi dengan teknik khusus yang disebut blotting dan hibridisasi dengan probe berlabel. Ada tiga jenis metode blotting yaitu selatan, utara dan barat. Perbedaan utama antara utara utara dan barat bercampur terletak pada jenis molekul yang dideteksi dari sampel. Southern blotting adalah metode yang mendeteksi urutan DNA spesifik dari sampel DNA. Northern blotting adalah teknik yang mendeteksi urutan RNA spesifik dari sampel RNA. Western blotting adalah metode yang mendeteksi protein tertentu dari sampel protein.
DAFTAR ISI
1. Ikhtisar dan Perbedaan Kunci
2. Apa itu Southern Blotting
3. Apa itu Northern Blotting
4. Apa itu Western Blotting
5. Side by Side Perbandingan - Utara vs Selatan vs Western Blotting
6. Ringkasan
Apa itu Southern Blotting?
Teknik blotting selatan dikembangkan oleh E. M. Southern pada tahun 1975 untuk identifikasi urutan DNA spesifik dari sampel DNA. Ini adalah teknik blotting pertama yang diperkenalkan dalam biologi molekular. Ini memungkinkan pendeteksian gen spesifik dari DNA, fragmen spesifik dari DNA, dan lain-lain. Ada beberapa langkah yang terlibat dalam teknik blotting selatan. Mereka adalah sebagai berikut.
- DNA diisolasi dari sampel dan dicerna dengan endonuklease restriksi.
- Sampel yang dicerna dipisahkan dengan elektroforesis gel Agarose. Fragmen DNA dalam gel didenaturasi menjadi untaian tunggal dengan menggunakan larutan alkali.
- DNA untai tunggal dipindahkan ke membran filter nitroselulosa dengan transfer kapiler.
- DNA yang dipindah-pindahkan menempel pada membran secara permanen.
- DNA tetap pada membran dihibridisasi dengan probe berlabel.
- Unbound DNA dicuci dari membran dengan cara mencuci.
- Film sinar-X terkena membran dan autoradiograf disiapkan.
Apa itu Northern Blotting?
Northern blotting adalah metode yang dirancang untuk mendeteksi rangkaian RNA spesifik atau urutan mRNA dari sampel untuk mempelajari ekspresi gen. Teknik ini dikembangkan oleh Alwine, Kemp, dan Stark pada tahun 1979. Ini berbeda dengan teknik blotting sourthern dan western karena beberapa langkah. Namun, teknik ini juga dilakukan melalui elektroforesis gel, blotting, dan hibridisasi dengan probe dan deteksi berlabel tertentu. Teknik blotting utara dilakukan sebagai berikut.
RNA diekstraksi dari sampel dan dipisahkan dengan elektroforesis gel.
RNA dipindahkan dari gel ke selaput yang tersumbat dan tetap.
- Membran diobati dengan probe berlabel yang dibuat dari cDNA atau RNA (probe saling melengkapi dengan urutan tertentu dalam sampel).
- Probe diinkubasi dengan membran untuk mengikat dengan urutan tertentu.
- Probe tidak terikat dicuci.
- Fragmen hibrida dideteksi oleh autoradiograf.
- Northern blotting adalah alat penting untuk mendeteksi dan menghitung mRNA hibridisasi, mempelajari degradasi RNA, evaluasi paruh RNA, deteksi penyambungan RNA, mempelajari ekspresi gen, dan sebagainya.
- Gambar 02: Northern Blotting
Apa itu Western Blotting?
Western blotting adalah metode untuk mendeteksi protein tertentu dari campuran protein dengan menggunakan antibodi berlabel. Oleh karena itu, western blot juga dikenal sebagai imunoblot
. Teknik ini diperkenalkan oleh Towbin et al pada tahun 1979 dan sekarang secara rutin dilakukan di laboratorium untuk analisis protein. Langkahnya adalah sebagai berikut. Protein diekstraksi dari sampel Protein dipisahkan dengan ukurannya menggunakan elektroforesis gel poliakrilamida Molekul terpisah dipindahkan ke membran PVDF atau membran nitroselulosa melalui elektroporasi.
- Membran diblokir untuk mengikat nonspesifik dengan antibodi
- Protein yang dipindah-pindahkan terikat dengan antibodi primer (antibodi berlabel enzim).
- Membran dicuci untuk melepaskan antibodi primer yang tidak ditentukan secara spesifik
- Antibodi yang terikat terdeteksi dengan menambahkan substrat dan mendeteksi endapan berwarna yang terbentuk
- Western blotting berguna untuk mendeteksi antibodi anti-HIV dalam sampel serum manusia.. Western blot juga bisa digunakan sebagai tes konfirmasi untuk infeksi Hepatitis B dan tes definitif untuk penyakit sapi gila.
- Gambar 03: Western Blotting
- Apa perbedaan antara Southern Southern dan Western Blotting?
- Bagian Tengah Tengah sebelum Tabel ->
Northern vs Southern vs Western Blotting
Jenis Molekul Terdeteksi
Northern Blotting
Northern blotting mendeteksi urutan RNA spesifik dari sampel RNA. |
|
| Southern Blotting | |
| Southern blotting mendeteksi urutan DNA tertentu dari sampel DNA. | Western Blotting |
| Western blotting mendeteksi protein tertentu dari sampel protein. | Jenis Gel |
| Northern Blotting | Ini menggunakan gel Agarose / formaldehid. |
| Southern Blotting | |
| Ini menggunakan gel Agarose. | Western Blotting |
| Ini menggunakan gel Polyacrylamide. | Metode Blotting |
| Northern Blotting | Ini adalah transfer kapiler. |
| Southern Blotting | |
| Ini adalah transfer kapiler. | Western Blotting |
| Ini adalah transfer listrik. | Probe Used |
| Northern Blotting | cDNA atau RNA probe berlabel radioaktif atau nonradioaktif. |
| Southern Blotting | |
| Probe DNA diberi label radioaktif atau non radioaktif. | Western Blotting |
| Antibodi primer digunakan sebagai probe. | Sistem Deteksi |
| Northern Blotting | Ini dilakukan dengan menggunakan autoradiograf, atau deteksi perubahan warna atau cahaya. |
| Southern Blotting | |
| Hal ini dilakukan dengan menggunakan autoradiograph, mendeteksi perubahan cahaya atau warna. | Western Blotting |
| Hal ini dilakukan dengan menggunakan deteksi cahaya atau perubahan warna. | Ringkasan - Northern vs Southern vs Western Blotting |
| Blotting adalah teknik khusus yang dikembangkan untuk identifikasi DNA, RNA atau protein tertentu dari sampel. Ada tiga prosedur blotting terpisah, yaitu utara, selatan dan barat, untuk mendeteksi jenis molekul tertentu. Teknik blotting utara dirancang untuk mendeteksi urutan RNA spesifik dari campuran RNA. Teknik blotting selatan memungkinkan deteksi urutan DNA spesifik dari sampel DNA dan teknik blotting barat dikembangkan untuk mengidentifikasi protein spesifik dari campuran protein. | Referensi |
1. Gibbons, Janay. "Western Blot: Sekilas Transfer Protein. "Jurnal Ilmu Kesehatan Amerika Utara. Publikasi Medknow & Media Pvt Ltd, Mar. 2014. Web. 27 Mar. 2017
2. Brown, T. "Southern blotting. "Protokol saat ini dalam imunologi. U. S. Perpustakaan Nasional Kedokteran, Mei 2001. Web. 27 Mar. 2017
3. Dia, Shan L. "noda utara. "Metode dalam enzim. Perpustakaan Nasional U. S., 2013. Web. 27 Mar. 2017
Gambar Courtesy:
1. "Northern Blot Scheme" Oleh RNA405 - Karya sendiri (Domain Publik) melalui Commons Wikimedia
2. "Western blot 114A" Oleh Amanthabagdon - Memiliki pekerjaan (Public Domain) melalui Commons Wikimedia
